来自减少代表性亚硫酸氢盐测序（RRBS）的DNA甲基化数据热图
颜色比例表示CpG甲基化比率

最为详尽的表观遗传标记是DNA甲基化。标准的测序方法不能直接用于分析DNA甲基化，因为甲基基团共价地结合在胞嘧啶上（5-甲基胞嘧啶；5-mC）。亚硫酸氢盐转化被认为是识别5-mC变化的金标准。

这一化学过程去氨基化胞嘧啶，并将其转化为尿嘧啶，除非胞嘧啶碱基上存在甲基基团。使用下一代测序（NGS）技术，甲基化的胞嘧啶在序列中被读取为“C”，而转化为尿嘧啶的胞嘧啶则被读取为“T”。通过将这些序列与参考基因组进行比较，可以以单碱基分辨率计算甲基化的百分比。减少代表性亚硫酸氢盐测序（RRBS）、全基因组亚硫酸氢盐测序（WGBS）和靶向亚硫酸氢盐测序是最广泛使用的NGS技术，用于描述甲基化组。

使用无亚硫酸氢盐的5-mC ELISA定量测定DNA甲基化

（0% 到 100%）

另一方面，无亚硫酸氢盐方法，例如甲基化DNA免疫沉淀（MeDIP），利用针对5-mC的抗体从一组碎片化的基因组DNA中富集甲基化的DNA。然后，可以将这种富集的分数用于全基因组甲基化分析。研究人员还可以通过使用相同的抗体针对5-mC，并结合ELISA技术，以高通量方式定量各种样本中的5-甲基胞嘧啶（5-mC）DNA。

染色质免疫沉淀

组蛋白修饰也是对核心组蛋白的共价修饰，这些修饰也可能改变基因表达。在将蛋白质交联到DNA后，可以使用特异性抗体选择性沉淀与蛋白质结合的DNA片段，这一过程称为染色质免疫沉淀（ChIP）。然后，富集的DNA片段可以通过下一代测序技术（ChIP-seq）进行测序，以获得特定组蛋白修饰的全基因组谱。ChIP-seq方法还可以用于分析转录因子和其他酶在基因组中的结合位点。

转座酶可及染色质分析

由于染色质在“开放”配置下通常与基因表达相关，因此测量开放染色质的存在或缺失的方法帮助我们理解表观遗传景观中染色质结构变化的重要性。最常用的染色质可及性技术是ATAC-seq（转座酶可及染色质分析），该方法允许研究人员观察DNA的可及性。该强大方法利用了转座酶只能将适配器序列插入到开放染色质位点的事实。通过“更深”的测序覆盖，也可以区分转录因子在本地染色质中可能结合的独特结合位点或足迹。